Ingénieur d'Études en Métagénomique et Génomique Microbienne H/F - Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale

Mission principale :

La personne recrutée aura pour mission l'analyse et l'interprétation des données de séquençage des communautés microbiennes, en mettant l'accent sur la métagénomique, la reconstruction du génome microbien et l'analyse fonctionnelle. Il/elle contribuera à des projets pluridisciplinaires à la croisée de l'écologie microbienne, de la génomique, de la bio-informatique et de la microbiologie expérimentale.

En fonction de l'expertise et des besoins des projets, le travail pourra également porter sur la métaviromique, la génomique des bactériophages et les interactions entre les phages et les bactéries.

Activités principales :

- Analyse et contrôle qualité des données métagénomiques de type « shotgun ».
- Assemblage de génomes et de métagénomes, et reconstruction de MAG.
- Annotation taxonomique et fonctionnelle.
- Génomique comparative, analyses phylogénétiques et métaboliques.
- Analyse statistique et visualisation des données microbiomiques et génomiques.
- Développement et maintenance de workflows bioinformatiques reproductibles.
- Analyse de données de séquençage à lectures courtes et, le cas échéant, à lectures longues.
- Préparation de figures, de résultats et de rapports pour des projets scientifiques et des publications.

Spécificité(s) et environnement du poste :

La personne recrutée exercera son activité à 50% entre l'U1135 (CIMI - Paris 13) et 50% auprès de l'U1016 (Institut Cochin - Paris 14)

Informations générales :

Date de prise de fonction : 01/11/2026

Durée : CDD de 14 mois renouvelable

Temps de travail

- Temps plein
- Nombre d'heures hebdomadaires : 38h30min
- Congés Annuels et RTT : 32 CA + 12 ARTT : 44 jours par année civile

Pas de télétravail

Rémunération

- Contractuels : A partir de 2494,30 brut mensuel, au-delà en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.

Connaissances

- La maîtrise de Python, R et Bash, ainsi qu'une expérience avec Nextflow ou Snakemake, constitueraient un atout particulier.
- Bonne maîtrise de Linux/Bash.
- Expérience pratique dans l'analyse de données de séquençage ou métagénomiques.

Savoir-faire

- Solides compétences en analyse et en résolution de problèmes.
- Assemblage et annotation de génomes/métagénomes.
- Reconstruction de MAG et génomique comparative microbienne.
- Reconstruction fonctionnelle ou métabolique.
- Flux de travail reproductibles (Nextflow/Snakemake).
- Séquençage à lecture longue.
- Culture bactérienne ou biologie moléculaire.
- Métaviromique ou génomique des bactériophages.

Aptitudes

- Capacité à travailler de manière autonome et au sein d'une équipe pluridisciplinaire.
- Bonnes compétences en communication scientifique.
- Maîtrise professionnelle de l'anglais.

Expérience(s) souhaité(s)

- Une expérience en métaviromique, en reconstruction du génome viral, en génomique des bactériophages ou en interactions phage-hôte serait un atout, mais n'est pas obligatoire.

Niveau de diplôme et formation(s[SF1] )

- Master ou diplôme équivalent en bio-informatique, biologie computationnelle, microbiologie, génomique, biologie moléculaire ou dans un domaine connexe.

L'Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l'ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l'innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.
Rejoindre l'Inserm, c'est intégrer un institut engagé pour la parité et l'égalité professionnelle, la diversité et l'accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l'Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.
L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Structure d'accueil : U1135

Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (Cimi)

A propos de la Structure :

Le Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (Cimi) est une unité mixte de recherche créée en 2014 et affiliée à Sorbonne Université, l'Inserm et le CNRS. Le Cimi est situé sur le campus de la Faculté de Santé de Sorbonne Université sur le site de la Pitié-Salpêtrière à Paris.

Cette localisation crée une dynamique forte d'échanges entre les équipes de recherche et les services hospitaliers. Environ 150 personnes exercent leur métier au Cimi, incluant des chercheurs, des enseignants, des personnels techniques et d'appui à la recherche.

• Bash
• Python
• Anglais
• Analyse de données
• Contrôle qualité
• Linux
• Bio-informatique
• Visualisation de données