Ingénieur de Recherche en Biologie Moléculaire - Production de Séquences H/F - Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN)

CADRE DE TRAVAILRejoignez notre équipe à la Direction de l'expertise (DIREX), et participez activement au projet GenRef, coordonné par le Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), un projet stratégique, ambitieux en coopération avec l'OFB Ce projet vise à mettre en place un référentiel technique national public visant à rendre accessibles les séquences génétiques de référence des espèces de France et d'Outre-mer en bonne synergie avec le programme TAXREF, porté par l'UAR PatriNat. Ce référentiel représente un outil stratégique pour la recherche, l'étude de la biodiversité et les politiques publiques de conservation.Vous rejoindrez une équipe pluridisciplinaire hébergée au sein de l'UAR DoHNEE, une unité d'appui à la recherche sous tutelle du CNRS et du MNHN au sein de laquelle est localisé le Service de Systématique Moléculaire (SSM) qui est un plateau technique spécialisé en biologie moléculaire. Vous travaillerez en collaboration étroite avec des chercheurs, des gestionnaires de collections et des taxinomistes.
MISSIONSAu sein de l'équipe « GenRef », sous la responsabilité fonctionnelle et hiérarchique de la cheffe de projet responsable de la coordination scientifique du référentiel, vous aurez la charge de l'organisation et de la mise en oeuvre du volet du projet dédié aux méthodes de production de séquences de référence pour GenRef.Vos missions principales incluront des actions sur deux axes principaux :1. Axe développement et standardisation de protocoles de laboratoire- Développer, optimiser et standardiser des protocoles haut-débit pour la production de séquences génétiques (multiplexage, préparation de pools, etc.), notamment centré sur la technologie Oxford Nanopore.- Mettre en place un pipeline robuste d'obtention de génomes d'organelles (extraction, préparation de bibliothèques, séquençage Nanopore, contrôle de qualité).- Adapter ces protocoles à une diversité de taxons eucaryotes (invertébrés, vertébrés, végétaux, champignons, etc.) en tenant compte des contraintes de coût, de rendement et de qualité.- Développer et optimiser des protocoles d'extraction et de préparation d'ADN adaptés à différents types d'échantillons (ADN frais ou dégradé issu de spécimens de collections, ADN ancien, spécimens types) incluant des approches d'extractions non-destructives (individus de très petite taille ou précieux).- Documenter les protocoles, assurer leur versionnage et leur transférabilité (principes FAIR, publication).2. Axe transfert de connaissance- Structurer et animer le transfert de connaissances et de compétences relatives aux protocoles développés dans le cadre de GenRef.- Participer aux actions de diffusion et de partage des connaissances associées à ces protocoles : rédaction de guides techniques, réalisation de démonstrations pratico-techniques.- Contribuer aux publications scientifiques liées aux données et méthodes produites dans le cadre de GenRef.

Compétences et expériences :- Connaissances solides en biologie moléculaire et en génomique.- Expérience confirmée en techniques de laboratoire pour la production de séquences (extraction d'ADN, PCR, quantification, préparation de librairies, etc.).- Expérience appréciée en séquençage Oxford Nanopore et/ ou assemblage de génomes d'organelles.- Goût pour la mise au point et l'optimisation de protocoles et la résolution de problèmes liés à cette optimisation.- Notions en bioinformatique pour le contrôle qualité des données de séquençage ; une expérience avec les outils Nanopore (Guppy/Dorado) ou les outils d'assemblage serait un atout.- Capacité à co-encadrer des étudiants et à travailler au sein d'un réseau et en interaction avec des experts.- Maîtrise d'outils de gestion de données d'échantillons et traçabilité de données (LIMS, Excel).Excellentes capacités d'organisation, rigueur scientifique et esprit de synthèse.

• Gestion des données
• PCR
• Lims
• Excel
• Contrôle qualité
• Extraction d'ADN
• Méthodes d'amélioration OMQ
• Bio-informatique