Thèse Décrypter les Interactions Entre les Éléments Transposables et les Facteurs de l'Hôte H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Paris-Saclay GS Biosphera - Biologie, Société, Ecologie & Environnement, Ressources, Agriculture & Alimentation École doctorale : Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème Laboratoire de recherche : IPS2 - Institut de Sciences des Plantes de Paris-Saclay Direction de la thèse : Leandro QUADRANA ORCID 000000016279211X Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-07-31T23:59:59 Les éléments transposables (ET) constituent une fraction importante des génomes eucaryotes et jouent un rôle majeur dans leur évolution ainsi que dans la génération de diversité biologique. Malgré les progrès considérables réalisés dans la compréhension de leur régulation, de nombreux aspects de leur intégration fonctionnelle au sein des systèmes cellulaires demeurent encore mal connus.

Cette thèse vise à étudier les processus moléculaires qui sous-tendent les interactions entre les éléments transposables et leurs organismes hôtes. Le ou la doctorant(e) explorera comment les activités dérivées des éléments transposables contribuent aux fonctions cellulaires et comment les mécanismes de régulation de l'hôte influencent le comportement et les trajectoires évolutives de ces éléments génomiques.

Le projet s'appuiera sur des approches de biologie moléculaire, génomique, génétique et biologie computationnelle afin d'aborder des questions fondamentales relatives au rôle des éléments transposables dans le fonctionnement et l'évolution des génomes. Une attention particulière sera portée à la compréhension des mécanismes moléculaires qui façonnent les relations entre éléments transposables et organismes hôtes ainsi qu'à leurs conséquences sur la régulation du génome.

Le ou la candidat(e) retenu(e) évoluera dans un environnement de recherche fortement interdisciplinaire et contribuera à un programme financé par le Conseil Européen de la Recherche (ERC) consacré à l'étude de la diversité, des fonctions et de l'importance évolutive des éléments transposables chez les eucaryotes.

Ce projet s'adresse à des candidat(e)s intéressé(e)s par la biologie des génomes, l'épigénétique, la génétique moléculaire, la bioinformatique et la biologie évolutive. The project will be carried out in the Quantitative Genomics and Epigenomics laboratory at the Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), Université Paris-Saclay. The laboratory provides access to state-of-the-art facilities in molecular biology, genomics, bioinformatics, high-performance computing, microscopy, and plant growth infrastructure.

The PhD project is fully funded through the European Research Council (ERC) Consolidator Grant HosTEome, which investigates the mechanistic and evolutionary interplay between transposable element proteins and host cellular systems. Funding is available for consumables, sequencing, computational analyses, conference participation, and scientific training. * Investigate the molecular mechanisms governing TE-host interactions.
* Characterize factors contributing to TE activity and regulation.
* Explore the impact of TEs on genome function.
* Examine the evolutionary dynamics of TE-host relationships.
* Develop and apply experimental and computational approaches to address fundamental questions in genome biology.

Étudiant(e) de Master motivé(e) en biologie végétale, génétique, bioinformatique ou dans une discipline connexe. Une expérience préalable en analyse de données RNA-seq constitue un atout mais n'est pas indispensable. La curiosité scientifique, l'autonomie et la volonté d'acquérir des compétences en méthodes quantitatives sont essentielles.