Thèse Paléoprotéomique pour la Reconstitution de la Santé Individuelle et Populationnelle du Passé à nos Jours. H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Paris-Saclay GS Santé publique École doctorale : Santé Publique Laboratoire de recherche : Laboratoire Anthropologie Archéologie Biologie Direction de la thèse : Philippe CHARLIER Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-11-01T23:59:59 La protéomique consiste en l'étude des protéines et de leurs fonctions au sein des systèmes biologiques. Les protéines peuvent survivre dans les restes anciens sans se dégrader. Elle fournit des informations sur les maladies, l'alimentation et l'état physiologique des individus du passé. L'ADN ancien se dégrade plus rapidement que les protéines, ce qui fait de ces dernières des biomarqueurs plus stables pour l'étude des restes anciens. L'étude de la santé passée par la paléoprotéomique peut apporter des éclairages précieux sur l'évolution des maladies, les réponses immunitaires et les adaptations biologiques au fil du temps. Comprendre les schémas pathologiques et les états de santé anciens peut aider les chercheurs à mieux interpréter l'origine, la progression et la persistance de certaines maladies modernes. Les protéines étant plus stables et ayant une durée de vie plus longue, la protéomique est particulièrement utile pour l'étude de la santé passée. Les protéines peuvent être extraites de divers matériaux biologiques tels que les os, les dents et les tissus mous conservés, fournissant ainsi des informations précieuses sur les individus et les populations du passé. Malgré son application croissante en recherche archéologique, les études se sont principalement concentrées sur l'identification et la caractérisation des protéines anciennes plutôt que sur leur application directe à la reconstitution de l'état de santé. Les recherches sur les interactions hôte-pathogène restent limitées, de même que l'exploration insuffisante des protéines liées à l'immunité. L'intégration des analyses biomoléculaires à la paléopathologie contribue à une meilleure compréhension de l'écologie des maladies anciennes, des interactions hôte-pathogène et de la dynamique de santé des populations.
L'analyse protéomique du tartre dentaire s'est révélée un outil précieux pour reconstituer les habitudes alimentaires anciennes, notamment les données de consommation des populations passées. Le tartre dentaire ancien constitue une archive biomoléculaire précieuse, préservant des informations sur l'alimentation, le microbiome et les maladies des populations anciennes.

Des études récentes ont démontré le potentiel de la paléoprotéomique pour comprendre la santé et l'état biologique des populations anciennes. Cependant, plusieurs limitations persistent: la dégradation des protéines due à des facteurs environnementaux affecte la qualité des données et la contamination par des facteurs modernes pose des problèmes d'authenticité. Des recherches ont démontré que le tartre dentaire préserve des protéines associées au microbiote buccal et aux maladies parodontales, offrant ainsi de précieuses informations sur l'état de santé des populations anciennes. La littérature existante souligne l'importance croissante de la recherche interdisciplinaire en paléoprotéomique pour la reconstitution de la santé, de l'écologie des maladies et des tendances évolutives en matière de santé dans le passé.

Objectifs:
Analyser les marqueurs protéiques liés à la santé dans les populations humaines anciennes.
Examiner les données protéomiques relatives aux protéines communes aux populations passées et actuelles.
Évaluer la contribution de ces financements à la compréhension des enjeux de santé actuels.
Étudier l'application de la paléoprotéomique en recherche bioarchéologique.
Évaluer la préservation biomoléculaire dans les restes humains anciens.
Explorer le potentiel du tartre dentaire comme source d'informations sur les protéines anciennes.
Intégrer les approches théoriques et pratiques en recherche paléoprotéomique. L'étude comparative des données paléoprotéomiques issues de contextes chronoculturels variés est susceptible de révéler des tendances évolutives en matière de santé humaine, d'adaptation aux maladies, de pratiques alimentaires et d'interactions environnementales. L'application des techniques paléoprotéomiques, intégrée aux analyses archéologiques, biomédicales et bioinformatiques, pourrait améliorer la reconstitution de l'état de santé et des maladies anciennes grâce à l'identification de protéines anciennes et de biomarqueurs moléculaires. Ces découvertes pourraient contribuer à une approche globale de la santé et à une perspective «Une seule santé» en apportant un éclairage nouveau sur les interactions homme-environnement à long terme, pertinentes pour la santé publique. L'analyse protéomique du tartre dentaire archéologique pourrait révéler des protéines alimentaires préservées et des biomarqueurs de maladies bucco-dentaires, permettant ainsi de reconstituer les modes de vie et les schémas de santé anciens. L'analyse comparative des données paléoprotéomiques pourrait révéler des tendances à long terme en matière de santé et d'adaptation à l'environnement au sein de différentes populations et à travers différentes périodes. Analyser les marqueurs protéiques liés à la santé dans les populations humaines anciennes.
Examiner les données protéomiques relatives aux protéines communes aux populations passées et actuelles.
Évaluer la contribution de ces financements à la compréhension des enjeux de santé actuels.
Étudier l'application de la paléoprotéomique en recherche bioarchéologique.
Évaluer la préservation biomoléculaire dans les restes humains anciens.
Explorer le potentiel du tartre dentaire comme source d'informations sur les protéines anciennes.
Intégrer les approches théoriques et pratiques en recherche paléoprotéomique. L'étude portera sur des échantillons de tartre dentaire provenant des Catacombes de Paris (X-XVIII siècle) et de l'ossuaire de Bazille (1870). Les analyses de laboratoire seront réalisées au CEA Marcoule et au LAAB, où le chercheur sera présent physiquement durant la phase analytique.

Cette étude propose une investigation paléoprotéomique ciblée sur des échantillons anciens de tartre dentaire et d'os afin d'identifier les protéines liées à l'immunité et à l'inflammation, associées aux maladies infectieuses. Grâce à des analyses LC/MS et bioinformatiques, les marqueurs protéiques associés à la composition du microbiome oral, à la réponse immunitaire de l'hôte et à la progression de la maladie seront intégrés aux bases de données protéomiques cliniques modernes. Ceci pourrait contribuer à la compréhension de l'évolution des maladies inflammatoires et infectieuses chroniques des populations passées à nos jours.

Cette approche pratique pourrait permettre une meilleure compréhension des mécanismes des maladies anciennes et des adaptations biologiques au sein des populations. L'étude pourrait également contribuer à la compréhension du lien entre les états de santé historiques et modernes grâce aux preuves biomoléculaires préservées dans les matériaux archéologiques. L'étude proposée pourrait inclure une analyse paléoprotéomique d'échantillons de tartre dentaire provenant des catacombes de Paris et d'autres contextes archéologiques potentiels, tels que l'ossuaire de Bazilles en France. Ces échantillons archéologiques pourraient fournir des informations précieuses sur l'état de santé, les réponses immunitaires et les marqueurs infectieux des populations anciennes.

Master 2 en archéologie/anthropologie
Connaissances en bioinformatique