Thèse le Gène de Résistance R-Bpmv chez le Haricot Commun Base Moléculaire et Identification du Gène d'Avirulence Correspondant chez le Bean Pod Mottle Virus Bpmv H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Paris-Saclay GS Biosphera - Biologie, Société, Ecologie & Environnement, Ressources, Agriculture & Alimentation École doctorale : Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème Laboratoire de recherche : IPS2 - Institut de Sciences des Plantes de Paris-Saclay Direction de la thèse : Valérie GEFFROY Début de la thèse : 2026-11-01 Date limite de candidature : 2026-05-06T23:59:59 Chez le haricot commun (Phaseolus vulgaris) le cluster de résistance I constitue un locus multiparasitaire majeur, conférant des résistances à de nombreux virus (BCMV, BCMNV, BPMV) et à des pathogènes bactériens ou fongiques. Ce cluster se distingue par une forte complexité génétique et structurale, caractérisée par un nombre très variable de gènes NLR selon les génotypes. Ce cluster porte notamment le gène I, conférant une résistance hypersensible vis-à-vis de différents potyvirus notamment BCMV/BCMNV, ainsi qu'un second gène, R-BPMV, conférant une résistance stable à haute température contre le BPMV, un comovirus. Des travaux récents menés par notre équipe, ont permis d'identifier la base moléculaire du gène I et de démontrer que I et R-BPMV correspondent à des gènes distincts. Le BPMV étant fortement dommageable pour le soja, espèce dépourvue de résistance dominante et de TNL dans la région synténique du cluster I, l'identification de R-BPMV revêt un enjeu scientifique et agronomique majeur. Le projet de thèse vise à caractériser les bases moléculaires de cette interaction plante-virus à travers trois objectifs complémentaires : (i) identifier le gène d'avirulence Avr-BPMV chez le virus, (ii) identifier et valider le gène de résistance R-BPMV chez le haricot, et (iii) décrypter les mécanismes d'interaction entre ces deux partenaires moléculaires. Pour cela, le(a) doctorant(e) combinera des approches de phytopathologie, de génomique comparative, de biologie moléculaire, de transformation génétique et de modélisation structurale. Ces résultats approfondiront la compréhension des mécanismes de la reconnaissance hôte-pathogène et favoriseront un contrôle durable du BPMV, notamment pour le soja. Les NLRs (Nucleotide-binding and leucine-rich repeat domain proteins) constituent la plus grande classe des protéines de résistance aux agents pathogènes chez les plantes et ont un rôle primordial dans la gestion durable de la santé des cultures. Ces protéines détectent des effecteurs des agents pathogènes dans les cellules végétales et agissent ainsi comme récepteurs immunitaires intracellulaires.
Chez le haricot commun, le cluster de résistance I est un cluster complexe multiparasitaire présentant une importante variation structurale en termes de nombre de gènes NLR de type TNL. Différents gènes de résistance à des virus ont été localisés au niveau du cluster I, en particulier le gène dominant I qui confère une résistance totale de type hypersensible à tous les isolats de BCMV et BCMNV, deux potyvirus très dommageables du haricot, ainsi qu'à huit autres potyvirus. Le cluster I comprend également un gène de résistance à un comovirus, le BPMV, nommé R-BPMV. La résistance médiée par R-BPMV présente l'avantage d'être stable à haute température, contrairement à celle conférée par I.
Dans ce contexte, notre équipe (en collaboration avec l'équipe de P. Miklas ; USA) a récemment identifié les bases moléculaires du gène de résistance I, grâce à deux mutants : i) un mutant tilling et ii) un mutant naturel présentant un élément transposable inséré dans le gène TNL codant le gène I. Grace à ces mutants, nous avons pu montrer que I et R-BPMV sont codés par des gènes différents, les mutants I étant toujours résistants au BPMV.
Le BPMV est très dommageable pour le soja, pour lequel aucune résistance dominante n'a été identifiée, ce qui est cohérent avec l'absence de gènes TNL dans la région synténique du cluster I chez cette espèce. Le gène R-BPMV présente donc un fort intérêt, en raison de sa stabilité à haute température, et constitue une solution potentielle pour le contrôle du BPMV chez le soja.
Le présent projet de thèse vise, en utilisant une combinaison d'approches de génétique/génomique/phytopathologie/biologie moléculaire/bioinformatique/biologie structurale, à :

i) identifier le gène d'avirulence Avr-BPMV chez le virus BPMV
ii) identifier le gène de résistance R-BPMV chez le haricot commun
iii) mieux comprendre l'interaction entre R-BPMV et Avr-R-BPMV
Approches de génétique, génomique, phytopathologie, biologie moléculaire, bioinformatique, biologie structurale

Le/La candidat(e) devra être titulaire d'un Master (ou équivalent) en biologie végétale, biologie moléculaire, génétique, microbiologie. Une formation spécifique sur les interactions plantes-microorganismes et/ou l'évolution sera particulièrement appréciée.

Le/La candidat(e) devra faire preuve de motivation pour la recherche scientifique, d'une bonne capacité d'analyse, d'autonomie, ainsi que d'une aptitude à travailler en équipe dans un environnement de recherche international. De bonnes compétences en communication écrite et orale en anglais scientifique seront également requises.

Compétences souhaitées:
Connaissances en biologie végétale et/ou interactions plantes-microorganismes
Compétences en biologie moléculaire (extraction d'ADN/ARN, PCR, qPCR, clonage, etc.)
Compétences ou intérêt pour la bioinformatique
Capacité à analyser et interpréter des données expérimentales
Rigueur scientifique, organisation et esprit critique
Capacité à travailler de manière autonome tout en collaborant avec une équipe