Chargé d'Études Scientifiques - Surveillance Moléculaire de la Biodiversité H/F - Muséum Nationel d'Histoire Naturelle

Contexte du recrutement et définition de poste

Nom et Définition du projet : Le poste s'inscrit dans le cadre de la poursuite du projet BIOSCAN France (Caractérisation moléculaire et surveillance de la biodiversité terrestre en France : étude pilote et mobilisation des acteurs nationaux) coordonné par le MNHN et l'OFB. Ce projet a été initié en 2022 est entré dans sa seconde phase (2025-2028).

Le poste proposé est un contrat de niveau ingénieur d'étude d'une durée de 12 mois, en appui au développement et à la mise en oeuvre d'un dispositif « pilote » de surveillance de la biodiversité terrestre fondé sur la caractérisation moléculaire des espèces par metabarcoding. Celui-ci vise principalement les espèces d'invertébrés collectés par piège dit de « Malaise ».

Dans la continuité de la phase de test opérationnel du dispositif, la personne recrutée contribuera à poursuivre une phase expérimentale contextualisée de production de données de surveillance de la biodiversité et au test de nouveaux dispositifs et de nouvelles méthodes et protocoles de laboratoires. Ce contrat est susceptible d'être renouvelé dans la continuité du projet.

Les missions :

La personne recrutée aura pour missions principales : (i) L'accompagnement logistique du déploiement du dispositif de surveillance auprès des collaborateurs impliqués sur les sites existants et de nouveaux sites en France et à l'outre-mer. (ii) Le suivi de ce déploiement et l'approvisionnement des sites en matériel et consommables pour la mise en oeuvre de ces dispositifs. (iii) Le traitement des échantillons issus du déploiement passé et en cours des dispositifs de surveillance par pièges Malaise. Il s'agira de réaliser des expérimentations allant du tri et de la préparation des échantillons collectés, leur conditionnement et stockage, à l'extraction de l'ADN et à leur préparation pour séquençage haut-débit auprès d'un sous-traitant. (iv) Partager les résultats des analyses de metabarcoding avec les acteurs impliqués dans la mise en oeuvre du dispositif de surveillance. (v) Contribuer à l'élaboration et tester de nouvelles méthodes et de nouveaux protocoles visant à optimiser le dispositif de surveillance déployé et à répondre aux besoins opérationnels déjà mis en évidence. Il pourra s'agir d'améliorer certains aspects logistiques (ex. conditionnement et gestion des échantillons) ou expérimentaux (protocoles d'extraction d'ADN par ex.), ou encore de participer à l'adaptation de dispositifs de surveillance complémentaires et des protocoles dédiés, en réalisant des expérimentations incluant la mise en oeuvre et le suivi des dispositifs sur le terrain, le recueil des échantillons, leur préparation, leur conditionnement et leur stockage, ainsi que leur traitement en laboratoire depuis l'extraction de l'ADN jusqu'à la construction au laboratoire des librairies métagénomiques et leur séquençage (MinION (en interne) et/ou Illumina (sous-traitance)).

Les indicateurs d'évaluation et les livrables attendus :

Il est attendu une gestion efficace des échantillons depuis leur collecte/réception jusqu'à leur stockage, en passant par leur traitement expérimental en laboratoire. La personne recrutée travaillera en étroite collaboration avec les porteurs et collaborateurs du projet afin d'assurer un suivi précis des avancées de l'échantillonnage, du traitement des échantillons et de leur stockage. Il est attendu que ce travail amènera à la production de données métagénomiques pour les échantillons relevant des missions exposées plus haut.

Une participation à l'analyse et à l'interprétation des résultats obtenus est également souhaitée et mènera la personne recrutée à participer à la publication des résultats dans des revues scientifiques internationales, en appui à l'équipe porteuse et aux collaborateurs du projet.

Profil recherché

La/le candidat(e) recherché(e) devra :

- Être titulaire d'un diplôme de niveau master ou équivalent en sciences de la biodiversité ; il peut s'agir d'une formation dédiée à la biologie moléculaire dans un contexte de génétique ou de génomique environnementale, ou plus largement de formations en écologie ou en biologie évolutive avec une composante importante consacrée à l'utilisation des outils moléculaires. En conséquence la/le candidat(e) devra pouvoir faire preuve de connaissances théoriques et pratiques solides en biologie moléculaire et en génétique/génomique.
- Démontrer une expérience de laboratoire en biologie moléculaire et une maîtrise forte, en autonomie, des protocoles classiques d'extraction et d'amplification des acides nucléiques (ADN, ARN), mais également pour la préparation de librairies NGS, notamment les approches de multiplexage des échantillons.
- Posséder le permis de conduire (permis B) afin de pouvoir réaliser des déplacements occasionnels sur les sites de déploiement.

Seront également particulièrement appréciées :

- Une expertise avérée dans l'utilisation des approches moléculaires (barcoding, metabarcoding) pour la caractérisation des espèces et des communautés d'espèces ;
- Des compétences dans l'utilisation des outils d'analyse de séquences ADN issus des séquenceurs haut-débit (nettoyage, démultiplexage, assemblage de contigs, etc.) et de statistiques.
- Une expérience dans le domaine de l'entomologie et un intérêt particulier pour cette discipline.
- La démonstration de très bonnes qualités relationnelles et d'une expérience dans les interactions avec des acteurs de terrain pour pouvoir expliquer les protocoles et les objectifs de l'étude et contribuer à leur implication, notamment pour la poursuite du déploiement de ces dispositifs de surveillance.

Information(s) complémentaire(s)

Venez rejoindre un établissement chargé d'histoire, engagé dans la société, en pleine évolution, à la renommée nationale et internationale. Riche d'une grande variété de métiers et d'activités, le Muséum vous propose d'intégrer des équipes à taille humaine dans un cadre de travail agréable et un environnement stimulant.

Le contrat

Localisation : Jardin des plantes

Contrat : Contrat de projet

Temps de travail : 35h35 par semaine et 44 jours de congés annuels.

Les avantages

Remboursement de 75% des frais de transport en commun ou forfait mobilité durable (vélo ou covoiturage)

Télétravail possible après 4 mois d'ancienneté (de 1 ou 2 jours selon les fonctions, activités, service et contexte de travail)

Restaurant d'entreprise ou tickets-restaurants (selon les sites)

Mutuelle d'établissement

Un comité social et une association sportive et culturelle

Accès illimité aux sites de l'établissement avec invités