Thèse Antibioresistance chez Pseudomonas Aeruginosa Test Rapide et Quantitatif de l'Expression de Ampc et pour la Détection d'Oprd H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Paris-Saclay GS Santé et médicaments École doctorale : Innovation thérapeutique : du fondamental à l'appliqué Laboratoire de recherche : Médicaments et Technologies pour la Santé Direction de la thèse : Hervé VOLLAND ORCID 0000000171653218 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-06-19T23:59:59 L'antibiorésistance constitue aujourd'hui un enjeu majeur de santé publique à l'échelle nationale et mondiale. Elle compromet l'efficacité des traitements anti-infectieux et augmente la morbidité et la mortalité associées aux infections bactériennes. Parmi les agents pathogènes préoccupants, Pseudomonas aeruginosa se distingue par sa capacité à développer des mécanismes de résistances multiples vis-à-vis de différentes classes d'antibiotiques. Ainsi via la surexpression de la céphalosporinase PDC (enzyme de classe des AmpC) elle est capable de dégrader les céphalosporines et via la perte ou l'altération de la porine OprD, elle peut limiter l'entrée carbapénèmes et ainsi limiter leur action. La détection rapide et fiable de ces mécanismes est essentielle pour identifier les souches résistantes, adapter les traitements et limiter la dissémination de ces souches.
Dans ce contexte, le projet vise à développer un test bandelette multiplexé innovant permettant, en une seule analyse, de quantifier la surexpression de PDC et de détecter la présence d'une OprD fonctionnelle chez Pseudomonas aeruginosa. Ce test reposera sur un test bandelette, une technologie simple, rapide et utilisable en routine, avec pour ambition de faciliter la prise de décision thérapeutique ainsi que le suivi épidémiologique.
Le projet s'inscrit pleinement dans une approche « One Health ». En effet, il intégrera l'étude de souches issues de différents compartiments : clinique (patients humains), vétérinaire (animaux) et environnemental (eaux, sols). Cette approche permettra d'évaluer la performance et la robustesse quelle que soit l'origine des souches testées, tout en contribuant à une meilleure compréhension de la circulation des mécanismes de résistance entre ces différents réservoirs.
Les résultats attendus sont multiples : (i) la mise au point et la validation analytique et fonctionnelle du test multiplexé, (ii) la démonstration de sa pertinence sur un large panel de souches représentatives de la diversité des sources, et (iii) l'obtention de données sur la distribution des mécanismes PDC et OprD dans une perspective One Health. À terme, un transfert industriel est prévu afin de permettre la production et la diffusion du test à grande échelle. Cette diffusion favorisera son intégration dans les pratiques diagnostiques et contribuant concrètement à la lutte contre l'antibiorésistance.
L'antibiorésistance constitue un enjeu majeur de santé publique à l'échelle mondiale, reconnu par des organismes internationaux tels que l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) comme une priorité critique. En France comme à l'international, l'augmentation des infections dûes à des bactéries multirésistantes, notamment Pseudomonas aeruginosa, peut limiter les options thérapeutiques. Cette bactérie opportuniste est fréquemment impliquée dans des infections nosocomiales et présente une capacité remarquable à développer des mécanismes de résistance intrinsèques et acquis.
Parmi ces mécanismes, la surexpression de la céphalosporinase PDC et la perte ou l'altération de la porine OprD jouent un rôle central, en particulier dans la résistance aux -lactamines et aux carbapénèmes. Malgré leur importance clinique, leur détection reste aujourd'hui limitée à des méthodes de laboratoire souvent longues, complexes et peu adaptées à une utilisation de routine. À l'échelle internationale, il existe donc un besoin important d'outils diagnostiques rapides, fiables et accessibles permettant d'identifier ces mécanismes de résistance afin d'améliorer la prise en charge des patients et de limiter la dissémination des souches résistantes.
Le projet vise à développer un test bandelette multiplexé permettant la détection combinée de la surexpression de PDC et de la fonctionnalité de la porine OprD chez Pseudomonas aeruginosa. L'objectif est de proposer un outil rapide, simple d'utilisation et interprétable en routine, facilitant la décision thérapeutique et la surveillance épidémiologique.
À terme, la finalité du projet est double : d'une part, améliorer la prise en charge des infections en permettant une adaptation rapide des traitements antibiotiques, et d'autre part, favoriser la diffusion de cet outil via un transfert industriel, permettant son déploiement à grande échelle dans les laboratoires de diagnostic. Ce projet contribuera ainsi de manière concrète à la lutte contre l'antibiorésistance.
Le projet repose sur une collaboration entre plusieurs équipes aux expertises complémentaires : le LERI (Laboratoire d'Études et de Recherches en Immunoanalyse), le Centre National de Référence (CNR) de la résistance aux antibiotiques de Besançon, l'ANSES de Lyon, et un laboratoire d'écologie microbienne.
Le LERI apporte une expertise reconnue en développement technologique, notamment en conception de dispositifs de diagnostic rapide, notamment au format bandelette (type lateral flow). Il est chargé du développement des outils de détection et de quantification, de leur optimisation analytique (sensibilité, spécificité, reproductibilité) ainsi que de leur intégration dans un format robuste et transférable.
Le CNR de Besançon, expert en microbiologie clinique et en résistance aux antibiotiques, fournit l'expertise biologique et clinique indispensable. Il met à disposition des collections de souches caractérisées, incluant des isolats produisant des -lactamases de type AmpC (plus particulièrement PDC) et présentant des altérations de la porine OprD. Le CNR assure également la validation biologique et clinique des outils développés, ainsi que l'interprétation des résultats en lien avec les phénotypes de résistance.L'ANSES de Lyon contribue à la dimension vétérinaire du projet en mettant à disposition des collections de souches issues du monde animal. Elle apporte une expertise en surveillance de l'antibiorésistance en santé animale et participe à l'évaluation des outils développés avec des isolats d'origine vétérinaire, permettant d'étendre leur champ d'application.
Le Laboratoire d'Ecologie Microbienne apporte une expertise sur les compartiments environnementaux. Il fournit des souches issues de matrices environnementales (eaux usées, milieux aquatiques, sols) et contribue à l'analyse de la circulation des mécanismes de résistance dans l'environnement. Il participe également à l'adaptation et à l'évaluation des outils dans ces matrices complexes.
La complémentarité repose ainsi sur une articulation forte entre le développement technologique (LERI), la validation clinique (CNR), l'exploration du réservoir animal (ANSES), et l'étude des réservoirs environnementaux (écologie microbienne).
Cette organisation permet d'inscrire le projet dans une approche intégrée One Health, en couvrant l'ensemble des compartiments impliqués dans la diffusion de l'antibiorésistance.

- Diplôme de Master 2 (M2) ou Ingénieur avec équivalence M2
- Connaissances théoriques et pratiques en microbiologie et Biochimie
- Niveau d'anglais permettant un discussion fluide
- Capacités à travailler en équipe