Thèse Caractérisation Moléculaire et Épigénétique de la Monopoïèse en Condition Normale et Pathologique H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health École doctorale : Cancérologie : Biologie - Médecine - Santé Laboratoire de recherche : Cellules souches hématopoïétiques et développement des hémopathies myéloïdes Direction de la thèse : Nathalie DROIN ORCID 0000000260995324 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-01T23:59:59 Contexte scientifique : La Leucémie myélomonocytaire chronique (LMMC) est une pathologie clonale de la cellule souche hématopoïétique qui présente des caractéristiques à la fois myéloproliférative et myélodysplasique. Elle est définie par une monocytose persistante supérieure à 0.5 G/L représentant plus de 10% des globules blancs. C'est une maladie rare des sujets âgés (médiane 72 ans) avec une survie de 2 à 3 ans. Les 3 gènes les plus souvent mutés sont TET2 (60%), SRSF2 (50%) et ASXL1 (40%). Des mutations des gènes de la voie RAS (NRAS, KRAS, CBL), identifiées chez 30% des patients, sont associées aux formes prolifératives.
Données préliminaires : A l'opposé de TET2, TP53 est très peu muté dans la LMMC. L'expression du transcrit et de la protéine TP53 est très hétérogènes dans les monocytes des patients LMMC. Un sous-groupe de patients avec une diminution de l'expression de TP53 et de la protéine correspondante a été mis en évidence. Les analyses de séquençage d'ARN (RNAseq) suggèrent que les patients présentant une expression réduite de TP53 sont plus enclins à évoluer vers une leucémie aiguë myéloïde (LAM). Les monocytes des patients atteints de LMMC exprimant faiblement TP53 ont également une diminution de l'expression de CSF1R, suggérant un défaut de maturation. En utilisant une construction sh-lentivirale, la diminution de TP53 dans les cellules souches du sang de cordon génère des monocytes moins matures et met en évidence un bloc de différenciation à un stade monocytaire prémature régulé par TP53. Une caractéristique de la monopoïèse est l'acquisition progressive de marqueurs de surface cellulaire, notamment CD64, CD11b, CD14, CD36 et, finalement, CD300e. En utilisant une approche de cytométrie en flux multiparamétrique pour comparer le phénotype des monocytes circulants chez 120 patients atteints de LMMC et 40 témoins sains appariés en âge, nous avons observé une expression normale de CD300e et une acquisition défectueuse de ce marqueur chez une fraction de patients atteints de LMMC. Deux profils distincts ont pu être identifiés parmi les monocytes avec une acquisition défectueuse du CD300e : i) une diminution de l'expression de CD300e au sein de la population de monocytes classiques avec moins de p53, ou ii) un profil bimodal avec des monocytes n'exprimant pas du tout CD300e, considérés comme des monocytes immatures (I-MO).
Descriptif du projet : L'accumulation des monocytes classiques dans la leucémie myélomonocytaire chronique pourrait être bloquée à différent stade de maturation et selon le stade cela favoriserait la progression de la maladie en leucémie aigüe ou aurait un impact dans les tumeurs solides. Le projet de thèse permettra de i) caractériser au niveau phénotypique, cytokinique, moléculaire et épigénétique les différentes étapes de maturation des monocytes dans la moelle osseuse de sujets sains au cours du vieillissement et chez des patients LMMC avec et sans expression de TP53 ii) d'étudier la régulation de TP53 au cours de la monopoïèse et déterminer si cette régulation est épigénétique iii) d'évaluer les fonction de ces I-MO (différenciation suite à une activation avec CSF1 ou CSF2, motilité cellulaire, sécrétion de cytokines et propriétés immunosuppressives) et iv) de déterminer l'impact de ces populations monocytaires sur le pronostic de la maladie et la réponse aux principales options thérapeutiques actuellement proposées.
Perspectives : L'objectif de cette thèse est de déterminer i) quels sont les patients LMMC avec une diminution de TP53 qui vont développer une LAM et de déterminer si TP53 est impliqué dans la monopoïèse et comment il est régulé ii) quels sont les patients LMMC avec un profil bimodal avec des I-MO et quelles sont les fonctions de ces monocytes immatures ? Ce travail de thèse doit nous permettre d'améliorer la définition de la LMMC en stratifiant les patients en fonction du type de monocytes produits.
Our team in INSERM U1287 at Gustave Roussy works on Chronic myelomonocytic leukemia (CMML), a rare age-related hematological malignancy that combines dysplasia and proliferation, the latter generating absolute and relative monocytosis with blood monocytosis. Allogeneic HSC transplantation is the unique potentially curative therapeutic approach. New therapeutic intervention strategies are needed for this pathology, whether preventive or curative. Create a sub-classification of patients with chronic myelomonocytic leukemia in order to find more effective treatments for each subgroup Purification of mononuclear cells from blood and bone marrow
Cell labeling and sorting
Flow and spectral cytometry
Cell culture, lentiviral infection of hematopoietic stem cells
Molecular biology
Single-cell RNA-seq long read
Cut & Tag, ATAC-seq
Methylation studies using long-read sequencing
Bioinformatics analyses

Master 2 avec mention
Formation en biologie cellulaire et moléculaire, culture cellulaire, différenciation cellulaire, Sécrétion cytokinique. Compétences en analyse bioinformatique de données génomiques