Thèse Rôle de Tet2 dans la Différenciation Terminale des Cellules B du Centre Germinatif la Mémoire Humorale et les États Pré-Tumoraux H/F - Doctorat.Gouv.Fr

Établissement : Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health École doctorale : Cancérologie : Biologie - Médecine - Santé Laboratoire de recherche : Intégrité du Génome et Cancers Direction de la thèse : Said AOUFOUCHI ORCID 0000000165472664 Début de la thèse : 2026-10-01 Date limite de candidature : 2026-05-03T23:59:59 La réponse humorale adaptative repose sur l'activation des cellules B dans les centres germinatifs, où elles subissent des modifications génétiques et épigénétiques permettant la sélection d'affinité et la diversification fonctionnelle des anticorps. À l'issue de cette réaction, les cellules B se différencient en plasmocytes sécréteurs d'anticorps et en cellules B mémoires assurant la protection à long terme. Ces transitions nécessitent une reprogrammation transcriptionnelle et épigénétique fine. TET2 est une enzyme clé de la déméthylation active de l'ADN et de la régulation de l'expression génique. Des altérations de TET2 sont fréquemment associées à des hémopathies malignes, notamment des lymphomes B. Des données publiées de l'équipe ont montré que la déficience en TET2 perturbe la différenciation terminale des cellules B issues du centre germinatif, mais les mécanismes impliqués et les conséquences sur la mémoire humorale à long terme restent mal caractérisés. Ce projet de thèse vise à identifier les mécanismes moléculaires responsables de ces défauts en combinant un modèle murin rapporteur permettant le traçage des cellules B du centre germinatif, des analyses longitudinales à long terme, des approches de cytométrie multiparamétrique, des technologies transcriptomiques et épigénétiques, ainsi que des analyses fonctionnelles et clonales. L'objectif est de définir précisément les étapes de différenciation affectées, les réseaux de régulation dérégulés et l'impact sur la qualité et la stabilité de la cellule mémoire B, tout en explorant les liens avec des états pré-tumoraux. Ce travail apportera une compréhension mécanistique du rôle de TET2 dans la différenciation terminale des cellules B et la stabilité de la réponse humorale. La réponse humorale adaptative repose sur la réaction du centre germinatif (CG), au cours de laquelle les cellules B activées subissent hypermutation somatique, sélection d'affinité et reprogrammation transcriptionnelle (1,2). Elles se différencient ensuite en plasmocytes sécréteurs d'anticorps et en cellules B mémoires assurant la protection à long terme (3,4). Ces transitions impliquent des remaniements épigénétiques majeurs encore incomplètement caractérisés (5). TET2 est une enzyme clé de la déméthylation active de l'ADN via l'oxydation de la 5-méthylcytosine (6). Des altérations de TET2 sont fréquemment associées aux hémopathies malignes, notamment aux lymphomes B (7,8). Des résultats préliminaires du laboratoire montrent que la déficience en TET2 altère la différenciation terminale des cellules B issues du centre germinatif (9,10). Les mécanismes moléculaires précis et les conséquences à long terme sur la mémoire humorale restent cependant mal définis. Ce projet vise à caractériser de manière intégrée les défauts de différenciation, les mécanismes transcriptionnels et épigénétiques associés, ainsi que les conséquences fonctionnelles et clonales de la perte de TET2. L'étude reposera sur des modèles murins déjà établis au sein du laboratoire, notamment un système rapporteur AID-Cre-ERT2-Tomato permettant le traçage spécifique des cellules B issues du centre germinatif, grâce à l'expression restreinte de l'AID aux cellules B du CG. Les approches expérimentales intégreront des analyses longitudinales, une cytométrie en flux multiparamétrique, des stratégies multi-omiques ainsi que des analyses approfondies du répertoire des BCR.
Contexte scientifique
La sortie du centre germinatif correspond à une bifurcation majeure du destin des cellules B vers les compartiments mémoire ou plasmocytaire (1,3) (figure 1). Cette transition nécessite l'extinction de programmes GC dépendants notamment de BCL6 et l'activation coordonnée de réseaux de différenciation impliquant IRF4 et BLIMP1 (11,12). Ces changements reposent sur une plasticité épigénétique fine permettant la stabilisation de nouveaux états cellulaires (5). TET2 joue un rôle central dans la régulation de l'état de méthylation de l'ADN et dans le contrôle des programmes d'expression génique des cellules hématopoïétiques (6,13). Sa perte est impliquée dans plusieurs pathologies hématologiques, incluant des syndromes myélodysplasiques et des lymphomes B (7-9). Son rôle précis dans la phase post-centre germinatif, la génération des cellules B mémoires, la formation des plasmocytes longue vie et la stabilité clonale à long terme n'est que partiellement élucidé. Par ailleurs, la réaction de CG est intrinsèquement associée à une instabilité génomique physiologique liée à une forte prolifération cellulaire et à l'activité hautement mutagène de l'enzyme AID (Activation-Induced cytidine Deaminase) (2,14), ce qui rend particulièrement pertinente l'étude des mécanismes épigénétiques susceptibles d'influencer la stabilité clonale.
Pour ce projet nous disposons de modèles murins rapporteurs permettant un suivi temporel direct des plasmocytes et cellules B mémoires issues du centre germinatif, offrant un cadre expérimental robuste pour disséquer ces mécanismes.
Hypothèse de travail
La perte de TET2 perturbe les programmes épigénétiques et transcriptionnels nécessaires à la sortie du centre germinatif et à la différenciation terminale des cellules B, entraînant des défauts qualitatifs et quantitatifs de formation et de maintenance des plasmocytes et des cellules B mémoires, et favorisant potentiellement des états cellulaires instables propices à la transformation tumorale (7-10,14).
Objectifs scientifiques
Le travail de thèse s'organise autour de quatre axes complémentaires, combinant approches in vivo et analyses fonctionnelles, afin de définir précisément le stade et la nature du défaut de différenciation terminale des cellules B du CG déficientes en TET2, de caractériser les mécanismes transcriptionnels et épigénétiques impliqués dans ce processus, d'étudier la qualité, la stabilité et la fonction des cellules B mémoires ainsi que des plasmocytes à long terme, et enfin d'explorer le lien entre ce défaut de différenciation terminale et le risque de transformation lymphoïde.
- Le premier objectif consiste à définir le stade et la nature du défaut de différenciation terminale.
Il s'agit d'identifier le ou les points exacts de blocage dans la transition entre cellules B du centre germinatif, cellules B mémoires et plasmocytes. Des immunisations contrôlées seront réalisées avec un suivi longitudinal étendu (15 jours après la première immunisation puis 5 jours, 1, 3, 6 et 9 mois après un rappel), afin de reconstruire la dynamique de différenciation post-CG (3,4). Le modèle AID-Cre-RT2-Tomato permettra de marquer irréversiblement (Tomato+) les cellules issues du centre germinatif après immunisation et de suivre leur devenir dans le temps. Des analyses par cytométrie en flux multiparamétrique permettront de distinguer finement les sous-populations (cellules du CG, cellules B mémoires, pré-plasmablastes, plasmablastes, plasmocytes) et d'identifier la(s) sous population(s) affectée(s).
- Le deuxième objectif vise à identifier les mécanismes transcriptionnels et épigénétiques dérégulés lors de la sortie du centre germinatif.
Les populations Tomato+ seront triées à haute pureté afin d'isoler spécifiquement les cellules post-CG pertinentes. Des analyses épigénomiques (méthylation/hydroxyméthylation) et transcriptomiques globales par RNA-seq seront réalisées (5,11). En parallèle, des profils d'accessibilité de la chromatine seront obtenus par ATAC-seq. L'intégration des données permettra de reconstruire des trajectoires de différenciation et des réseaux de régulation, en identifiant des noeuds de contrôle affectés. Les résultats seront validés par des approches ciblées (qPCR, cytométrie intracellulaire, immunoblot).
- Le troisième objectif est d'évaluer la fonction et la qualité de la mémoire humorale générée dans ce contexte.
Les réponses anticorps seront mesurées par ELISA et ELISpot à différents temps après immunisation et rappel antigénique tardif. Un protocole de transfert adoptif permettra d'évaluer à la suite d'un rappel avec le même antigène la capacité des cellules B mémoires à se différencier en plasmocytes ou à réengager une réaction de CG secondaire (3,4). Le répertoire des récepteurs BCR sera séquencé afin d'analyser la diversité clonale, les profils d'expansion et le niveau d'hypermutation somatique (15). L'étude combinée de la mutation somatique, de la maturation d'affinité et de la diversité clonale permettra d'affiner la qualité de la mémoire humorale générée après la première vague d'immunisation et après le rappel.
- Le quatrième objectif explore les liens possibles entre défaut de différenciation, instabilité génomique et états pré-tumoraux.
Les dommages à l'ADN seront quantifiés dans les cellules B post-centre germinatif (Tomato+) par cytométrie intracellulaire en analysant des marqueurs tels que H2AX et 53BP1.Une immunofluorescence confocale permettra de visualiser et quantifier les foyers nucléaires de cassures double brin afin d'évaluer la persistance des lésions. En parallèle, un RNA-seq sera réalisé sur les populations triées pour identifier l'activation des voies de réponse aux dommages à l'ADN (ATM/ATR, p53). Des analyses d'enrichissement de voies permettront de détecter des signatures transcriptomiques de stress génotoxique. L'intégration de ces approches déterminera si la perte de TET2 favorise une instabilité génomique durable. Un suivi clonotypique longitudinal basé sur le séquençage du BCR permettra de détecter des expansions anormales ou des biais de sélection (13).
L'objectif est d'établir un lien mécanistique entre défaut de différenciation terminale et risque de transformation lymphoïde, dans un contexte où la dérégulation épigénétique pourrait amplifier la vulnérabilité des cellules B post-CG (7,8).
Originalité et faisabilité
L'originalité de ce projet réside dans l'intégration, au sein d'un même modèle expérimental, du traçage dynamique des cellules issues du centre germinatif, d'analyses multi-omiques à haute résolution et d'une reconstruction clonotypique longitudinale. Ce travail cible spécifiquement la phase critique de sortie du centre germinatif, encore peu explorée. Il propose ainsi une approche mécanistique reliant régulation épigénétique, trajectoires de différenciation et stabilité clonale. La faisabilité est assurée par la disponibilité des modèles murins rapporteurs au laboratoire, l'expertise établie en cytométrie multiparamétrique et en immunisation expérimentale, ainsi que l'accès aux plateformes transcriptomiques et épigénomiques institutionnelles.
Le travail de thèse s'organise autour de quatre axes complémentaires, combinant approches in vivo et analyses fonctionnelles, afin de définir précisément le stade et la nature du défaut de différenciation terminale des cellules B du CG déficientes en TET2, de caractériser les mécanismes transcriptionnels et épigénétiques impliqués dans ce processus, d'étudier la qualité, la stabilité et la fonction des cellules B mémoires ainsi que des plasmocytes à long terme, et enfin d'explorer le lien entre ce défaut de différenciation terminale et le risque de transformation lymphoïde.

Candidat possédant des compétences en biologie cellulaire et immunologie.
Capable de concevoir et de réaliser des expériences impliquant des modèles animaux, dans le respect des protocoles expérimentaux et des exigences réglementaires en vigueur..
Autonome dans l'organisation de son travail.
Capable de travailler en équipe, à échanger de manière constructive avec différents interlocuteurs, et à communiquer efficacement en anglais, tant à l'oral qu'à l'écrit, dans un contexte scientifique international.