Assistant·e Ingénieur·e en Cytométrie en Flux et Analyse Haut Débit H/F - 75

L'IBPS (U1345), créé en 2014, regroupe environ 600 personnes et est constitué de 4 unités de recherche travaillant dans les domaines de la Biologie du Développement de l'Adaptation et du Vieillissement (Dev2A), des Neurosciences, de la Biologie Computationnelle Quantitative et Synthétique, et des Sciences Physiques appliquées à la Biologie. L'IBPS regroupe ainsi l'essentiel des forces en Biologie du campus Pierre et Marie Curie, tant pour l'enseignement que pour la recherche. L'IBPS inclut en outre 6 plateformes (Microscopie photonique et électronique, analyses Bioinformatiques, Ingénierie des protéines, Animaleries rongeur et aquatique).
Le laboratoire Dev2A comprend 19 équipes de recherche, qui abordent des questions fondamentales concernant les mécanismes cellulaires, moléculaires et physiques du développement, de l'adaptation et du vieillissement. Les études sont menées à différentes échelles, depuis le niveau moléculaire jusqu'à l'organisme entier, en passant par la cellule unique. Les équipes analysent l'action des facteurs environnementaux, la signalisation chimique et mécanique, et le contrôle génétique, épigénétique, et post-transcriptionnel des processus de développement, d'adaptation et de vieillissement. Ils utilisent pour cela des organismes modèles animaux (humain, rongeur, poulet, amphibien, poisson, mouche, nématode) et végétaux (Arabidopsis, Solanum...).Mission principale:

Les missions de l'Assistant.e Ingénieur.e seront doubles :

1. La première sera de soutenir les équipes de Dev2A qui utilisent la technique de cytométrie en flux pour leurs projets de recherche, c'est-à-dire actuellement 8 des 19 équipes. Les applications de cytométrie concernées vont de l'analyse de populations cellulaires sur la base par exemple de protéines de surface, à l'analyse du cycle cellulaire.

2. La seconde mission, complémentaire de la première, sera d'assurer le déploiement de la technique d'omique sur cellules uniques au sein de l'unité Dev2A. De façon générale, les approches omiques sont devenues incontournables dans la plupart des projets de recherche menés dans l'unité. Dans ce contexte, Dev2A souhaite étendre et accélérer l'utilisation des techniques d'omique sur cellules uniques. L'Assistant.e Ingénieur.e pourra s'appuyer sur l'expertise de l'équipe Jaffredo/Durand, qui a initié la technique en 2018 avec l'acquisition d'un des premiers Chromium 10X sur la place de Paris. L'unité Dev2A a prévu de renouveler cet appareil pour une version plus performante en 2027. L'Assistant.e Ingénieur.e assurera le fonctionnement opérationnel du Chromium 10X.
Il-elle accompagnera et conseillera les utilisateurs sur les différentes approches possibles : cellules vivantes, fixées ou congelées, cellule unique ou noyau unique, possibilité de couplage avec la détection de protéines de surface en cytométrie de flux, ou avec l'état de l'ADN, etc.

Activités principales:

- Cytométrie en flux:

· Fournir le support technique et scientifique requis pour les activités de cytométrie en flux.

· Former les utilisateurs, statutaires et non statutaires, pour une utilisation en autonomie du cytomètre en flux, et pour l'analyse de leurs résultats avec des logiciels dédiés (de type FlowJo).

· Réaliser des expériences d'analyse de cytométrie en flux pour des utilisateurs non-autonomes.

· Assurer une démarche qualité en rédigeant et mettant à jour les modes opératoires, en recensant les anomalies, etc...

· Opérer une veille scientifique et technologique.

· Garantir le respect des règles d'hygiène et de sécurité

· Contribuer à la supervision de l'équipement : planning d'utilisation, entretien, maintenance.

- Omique en cellules uniques:

· Réaliser des expériences de transcriptomique sur cellules uniques

· Mettre au point et réaliser des expériences d'omiques en cellules uniques pour des questions spécifiques : ATACseq, méthylome, recherche de variants.

· Opérer une veille scientifique et technologique sur les approches omiques en population et en cellule unique.

· Procéder à la surveillance et à la maintenance de l'équipement et des appareils associés.

· Conseiller les utilisateurs sur les bonnes pratiques pour un résultat optimal.