Ingénieur d'Etudes en Biologie Moléculaire - Génomique H/F - 75

Le ou La Ingénieur(e) d'Etudes participera au projet CHARMs (ANR) visant à décrypter les mécanismes de répression du VIH-1 par le complexe HUSH (TASOR/MPP8/PPHLN-1), en intégrant expériences de génomique (CUT&Tag, CUT&RUN, DRIP-seq, ATAC-seq) et analyses bioinformatiques. Il ou elle contribuera à la préparation d'échantillons, leur analyse et aux projets en cours dans le groupe de recherche RNA metabolism and HIV latency (https://institutcochin.fr/en/research-project/rna-metabolism-and-hiv-latency).
Activités
-Culture cellulaire (Jurkat ; HeLa), transfections/électroporations, CRISPR/Cas9 simples (KO/complémentations) et CRISPRi.
-Préparation d'échantillons pour CUT&Tag / CUT&RUN / ATAC-seq, smRNA-FISH/IF, Co-IP, Western-Blot, Nuclear Run On.
*Activités Transversales:
-Communication interne (réunions d'avancement), Gestion des réactifs/anticorps, tenues de cahier, traçabilité.
-Analyse de données & pipelines (Optionnel mais véritable atout):
QC (FastQC/MultiQC), alignements (Bowtie2), filtrages, peak calling (p. ex. HOMER/MACS), intersections (bedtools), matrices & heatmaps (deepTools), tracks bigWig & IGV.

Compétences
-Solide socle en biologie moléculaire, biochimie, culture cellulaire en L2, et génomique fonctionnelle (au moins une des suivantes : CUT&Tag, CUT&RUN, ATAC-seq).
-Rigueur expérimentale, sens de l'organisation, documentation soignée, travail en équipe.
*Atouts appréciés : Premiers pas concrets en analyse NGS (Linux/bash, conda, alignement, QC, bases de R/Python), Outils : Snakemake/Nextflow, HOMER/MACS, deepTools, bedtools, IGV, pandas/ggplot2.
*Anglais scientifique opérationnel (l'environnement est international: Les langues anglaises et françaises sont quotidiennement utilisées)
Profil (selon expérience):
Curiosité marquée pour les expériences de génomique, goût pour la biologie moléculaire en contexte épigénomique/VIH.
IE : Bac +5 (Master/Ingé) ou équivalent
Contexte de travail

Le/la IE rejoindra le jeune groupe de Roy Matkovic à l'Institut Cochin UMR8104, Paris, au sein d'un projet ANR JCJC (CHARMs) pour un contrat de 36 mois en fonction du profil du ou de la candidat(e). Le groupe fait partie de l'équipe Retrovirus, Infection et Latence, et travaille ainsi en étroite interaction avec les groupes de l'équipe mais aussi avec les plateformes locales notamment GENOM'IC (NGS), et le HUB'IC (bioinfo). Des collaborations actives sont prévues (ex. Mickael Blaise, IRIM Montpellier, Catherine Lavazec - Institut Cochin sur l'ANR PlasmoHost).
Contraintes et risques

Travail en laboratoire L2 (cellules T humaines, manipulations d'ADN/ARN viraux non infectieux dans des modèles de latence) ; respect strict des procédures de sécurité.
Les déplacements ne sont pas à prévoir hormis lorsque participation à des congrès nationaux ou/et internationaux.