Assistant·e Ingénieur·e en Techniques Biologiques H/F - 75

- Mission principale :

La maladie de Parkinson est une maladie neurodégénérative fréquente, complexe et invalidante, présentant une charge personnelle, sociétale et financière croissante. La population des patients parkinsoniens est très hétérogène, avec des profils de progression de la maladie multiples. La biologie sous-jacente de la maladie, la variation phénotypique et le profil de risque génétique des patients doivent être explorés pour la mise en oeuvre d'interventions thérapeutiques personnalisées.

Dans cet objectif, le réseau de recherche clinique sur la maladie de Parkinson (NS-PARK), l'un des réseaux thématiques soutenus par l'infrastructure FCRIN de l'Inserm, a créé une cohorte (cohorte NS-PARK) rassemblant les données cliniques des patients parkinsoniens suivis dans les 25 centres experts Parkinson (CEP) en France. Aujourd'hui, la cohorte comporte plus de 25000 patients dont les données sont mises à jour à chaque visite des patients dans les centres. En 2018, le réseau NS-PARK a été sélectionné à l'appel à projet exceptionnel de l'association France Parkinson pour adosser à cette base de données cliniques une biocollection et y associer un projet de stratification de patients. Le projet PRECISE-PD, From pathophysiology to precision medicine for Parkinson's disease, s'appuie sur la cohorte clinique gérée par l'Inserm, sur l'expertise du réseau de recherche clinique NS-PARK, l'équipe de génétique de la maladie de Parkinson (JC Corvol, ICM), des équipes d'épidémiologie (F Tubach, Hôpital Pitié-Salpêtrière), une équipe d'intelligence artificielle (S Durrleman, ICM), deux équipes précliniques (D, Lille; W Meisner et E Bezard, Bordeaux) et associe deux cohortes étrangères pour validation (D Grosset, UK; O Monchy, Canada).

La personne recrutée aura pour mission la prise en charge du volet génotypage du projet PRECISE-PD (réalisation et suivi)
- Activités principales :

· Génotypage des 2500 échantillons prélevés dans le cadre de la cohorte NS-PARK
· Contrôles qualité/quantité des extractions d'ADN
· Préparation des échantillons aux diverses analyses génétiques
· Génotypage des échantillons sur puces à ADN de type Neurochips et analyse des données
· Séquençage à haut débit des échantillons par long-range PCR pour cribler les gènes GBA1, LRRK2, VPS35 et SNCA et analyse des données de séquençage avec validation des données par co-ségérgation intrafamiliale si données familiales disponibles
· Séquençage des produits PCR par la méthode de Sanger
· Génotypage par la méthode de PCR en temps réel par Taqman et dosage d'exons par MLPA ou ddPCR
· Analyse des données de séquençage/génotypage grâce à l'utilisation de logiciels spécifiques. Interrogation des bases de données publiques (Ensemble, USCS Genome Browser, Blast, OMIM...), utilisation d'outils bio-informatiques de prédiction (caractère pathogénique des variants, expression tissulaire, conservation entre espèces).